ゴールデンウィーク中の出来事ですが、5月3日にCurrentブランチがバージョンアップしていました。
マイナーアップデートということで、更新内容は小幅です。
What's new in 6.39.1 (2017-Apr-27 10:06): *) defconf - discard default configuration startup query with RouterOS upgrade; *) defconf - discard default configuration startup query with configuration change from Webfig; *) smb - fixed external drive folder sharing when "/flash" folder existed; *) smb - fixed invalid default share after reboot when "/flash" folder existed; *) upnp - fixed firewall nat rule update when external IP address changes; *) dns - made loading thousands of static entries faster;
あえて気になる点といえば、DNSのスタティックエントリが1000以上ある場合の高速化が行われたぐらいでしょうか。
6.39からのアップデートを行った限りではとくに動作に問題がないように見えます。
気になる方はテスト環境での適用を行った上で、本番環境への適用を行うようにしてください。